Historia Zielonej Góry jako ośrodka akademickiego rozpoczęła się w czerwcu 1965 roku, kiedy to Rada Ministrów powołała Wyższą Szkołę Inżynierską im. Jurija Gagarina w Zielonej Górze. Wydział Budownictwa Lądowego rozpoczął swoją działalność zaledwie trzy lata później – z dniem 1 października 1968 roku, będąc trzecim wydziałem nowo powołanej uczelni. Pierwszym dziekanem został doc. dr inż. arch. Tadeusz Maszkiewicz, a do grona organizatorów Wydziału należeli ponadto: dr Jan Kąkolewski, mgr inż. arch. Romuald Wołk-Lewonowicz, mgr inż. Anna Mazurkiewicz, mgr inż. Edward Budniak, mgr inż. Władysław Sulisławski, mgr inż. Józef Gil i mgr inż. Jerzy Milewski. Kształcenie studentów na kierunku budownictwo, rozpoczęto w roku akademickim 1968/1969, przyjmując 62 studentów na studia dzienne, 32 na studia wieczorowe oraz 41 na studia zaoczne. Studia prowadzono w specjalności ogólnobudowlanej. W początkowych latach istnienia Wydział był wydatnie wspomagany przez Polski Związek Inżynierów i Techników Budownictwa oraz Zielonogórskie Zjednoczenie Budownictwa.

Początkowo Wydział miał uprawnienia tylko do kształcenia inżynierów. Lata 1968-1972 to okres budowy podstaw funkcjonowania Wydziału, a więc zatrudnienie i rozwój kadry naukowo-dydaktycznej, organizacja laboratoriów, opracowanie programów kształcenia i skryptów. W czerwcu 1972 r. wydano 32 dyplomy inżyniera budownictwa lądowego absolwentom studiów dziennych. W 1976 r. rozpoczęto na studiach dziennych kształcenie według programów studiów magisterskich na kierunku budownictwo ze specjalnością Technologia i Organizacja Budownictwa. Rok później, zarządzeniem Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego, Wydział Budownictwa Lądowego przekształcono w Instytut Budownictwa (na prawach wydziału). W roku 1978 Ministerstwo wydało zgodę na uruchomienie drugiej specjalności, ważnej w budownictwie – Konstrukcje Budowlane i Inżynierskie.

W dniu 2 października 1975 r., na inauguracji roku akademickiego 1975/76, prof. Stanisław T. Kołaczkowski wygłosił wykład pt. „Zadania inżynierii środowiska”, w którym uzasadnił potrzebę i cel utworzenia w WSInż. kierunku inżynieria środowiska. Wkrótce potem powołano zespół w składzie: prof. S. Kołaczkowski, mgr inż. M. Graczyk, mgr inż. Z. Lewicki i mgr inż. M. Przetocki, który zajął się organizacją kierunku inżynieria środowiska. W 1977 r. Minister Nauki, Szkolnictwa Wyższego i Techniki wyraził zgodę na uruchomienie od roku akademickiego 1977/78 kształcenia na kierunku inżynieria środowiska. Kształcenie na tym kierunku, ze specjalnością Zaopatrzenie w wodę, unieszkodliwianie ścieków i odpadów, rozpoczęło wówczas 25 studentów. Pierwszą jednostką organizacyjną, związaną z nowym kierunkiem studiów był Zakład Zaopatrzenia w Wodę i Unieszkodliwiania Ścieków i Odpadów. Kadrę kierunku inżynieria środowiska stanowili: prof. S. Kołaczkowski, doc. S. Gogolewski, doc. J. Kuźniar, doc. K. Appelt, dr J. Bernasiński, dr M. Graczyk (pierwszy doktorat 30.06.1978 r.), dr J. Kolasa, dr M. Gąsiorek i dr I. Wróbel. Do końca 1980 roku kierunek wzbogacił się o kolejnych profesorów (A. Solskiego, J. Kuczyńskiego), docentów (H. Greinerta, S. Orlewicza) oraz doktorów (M. Draba, A. Jędrczaka i A. Nowaka).

Na mocy znowelizowanej ustawy o szkolnictwie wyższym, w roku akademickim 1981/1982 nastąpiła reorganizacja Uczelni, w wyniku której powrócono do struktur wydziałowych. Powstał wówczas Wydział Budownictwa i Inżynierii Sanitarnej, w ramach którego powołano Instytut Budownictwa i Instytut Inżynierii Sanitarnej (1.10.1982 r.). W czerwcu 1982 roku pierwsi absolwenci kierunku inżynieria środowiska otrzymali dyplomy magistra inżyniera.

2 października 1984 roku na Wydziale utworzono trzeci instytut – Instytut Konstrukcji Budowlanych, obok istniejących dotychczas Instytutów: Technologii i Organizacji Budownictwa oraz Inżynierii Sanitarnej. Dziekanem został doc. dr inż. Mikołaj Kłapoć.

30 lipca 1987 roku Wydział uzyskał prawo nadawania przez Radę Wydziału stopnia naukowego doktora nauk technicznych w dyscyplinie budownictwo. W 1989 roku odbyła się pierwsza obrona pracy doktorskiej.

Od czerwca 1991 roku Wydział Budownictwa i Inżynierii Sanitarnej zmienił strukturę organizacyjną na katedralno-zakładową. W skład Wydziału weszły: Katedra Konstrukcji Budowlanych, Zakład Mechaniki Budowli, Zakład Architektury, Zakład Geodezji i Geotechniki, Zakład Budownictwa Ogólnego, Zakład Technologii i Organizacji Budownictwa, Katedra Wody, Ścieków i Odpadów, Katedra Ochrony Środowiska oraz Katedra Sieci i Instalacji Sanitarnych. Wydziałem zarządzali: dziekan – dr inż. Stanisław Pryputniewicz oraz prodziekan – dr inż. Marek Talaga.

4 lipca 1996 roku Sejm RP nadał Wyższej Szkole Inżynierskiej nazwę Politechnika Zielonogórska. W skład Wydziału weszły wówczas dwa instytuty: Instytut Budownictwa i Instytut Inżynierii Środowiska. Dziekanem został doc. dr hab. inż. Stanisław Misztal, a prodziekanem prof. dr hab. inż. Henryk Greinert.

W roku 1999 uruchomiono w ramach kierunku budownictwo pierwszą w Polsce specjalność Renowacje Budynków i Modernizacja Obszarów Zabudowanych.

W roku 2001, wraz z utworzeniem Uniwersytetu Zielonogórskiego przez połączenie Politechniki Zielonogórskiej z Wyższą Szkołą Pedagogiczną, nastąpiła zmiana nazwy Wydziału na Wydział Inżynierii Lądowej i Środowiska (WILiŚ). Dotychczasową strukturę organizacyjną Wydziału uzupełniono o Instytut Biotechnologii i Ochrony Środowiska. Do 31 sierpnia 2002 roku dziekanem nowo utworzonego Wydziału był prof. dr hab. inż. Henryk Greinert. W następnej kadencji dziekanem Wydziału został prof. dr hab. inż. Tadeusz Kuczyński, a prodziekanami: dr hab. Beata Gabryś oraz dr inż. Marek Talaga.

31 maja 2004 r. Wydział uzyskał uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora nauk technicznych w dyscyplinie inżynieria środowiska.

Rozwijając specjalności budowlane, w roku 2004 wprowadzono na kierunku budownictwo specjalność Drogi i Mosty.

W roku 2006 utworzono studia doktoranckie w obu dyscyplinach, dla których Wydział posiadał uprawnienia – budownictwa i inżynierii środowiska. Do końca roku 2016 kształciło się na nich 31 doktorantów.

Od września 2007 roku Wydział Inżynierii Lądowej i Środowiska zmienił ponownie strukturę organizacyjną, wskutek odłączenia Instytutu Biotechnologii i Ochrony Środowiska, na którego bazie utworzono w Uniwersytecie Wydział Nauk Biologicznych.

W związku z uruchomieniem od roku akademickiego 2008/2009 kształcenia na kierunku architektura i urbanistyka, do Instytutu Budownictwa włączono Zakład Architektury i Urbanistyki. Zakład ten w roku 2013 przekształcono w Katedrę Architektury i Urbanistyki i wyłączono ze składu Instytutu. W związku z prowadzeniem przez Wydział kształcenia na trzech kierunkach i istnienia w jego strukturze trzech jednostek strukturalnych, w roku 2014 postanowiono zmienić jego nazwę na Wydział Budownictwa, Architektury i Inżynierii Środowiska (WBAiIŚ), pod którą funkcjonuje do czasu obecnego.

W roku 2013 Wydział uzyskał prawo nadawania stopnia naukowego doktora habilitowanego nauk technicznych w zakresie budownictwa. W roku 2015 Wydział nadał tytuł doktora honoris causa Profesorowi dr hab. inż. Zbigniewowi Kowalowi. Do końca roku 2016 zakończono pozytywnie 1 przewód habilitacyjny.

W latach 1989-2016 Wydział nadał 1 stopień doktora habilitowanego nauk technicznych w zakresie budownictwa, stopni naukowych doktora nauk technicznych w dyscyplinie budownictwo 33 oraz 21 w dyscyplinie inżynieria środowiska.

Do końca roku 2016 mury Wydziału opuściło 4541 absolwentów kierunku budownictwo, 2783 absolwentów kierunku inżynieria środowiska oraz 339 absolwentów kierunku architektura i urbanistyka.

Kadrę naukowo-dydaktyczną i dydaktyczną Wydziału tworzy na początku roku 2017: 12 profesorów tytularnych, 16 profesorów uczelnianych, 49 doktorów i 11 magistrów. Uzupełnia ją 13 pracowników technicznych oraz 10 pracowników administracji.